清华大学互联网司法研究院实行管理委员会领导下的院长负责制。
管委会为研究院的最高决策机构，负责制定或修改研究院章程；协调落实研究院配套保障条件；确定研究院发展战略和工作目标；审议研究院年度总结报告、年度工作计划和经费预算；进行研究院其他重大事项的决策并监督研究院工作的开展等。管委会设主任一名，副主任及委员若干名。
研究院设院长一名，由计算机系具有高级职称的在职人员担任，负责研究院的日常工作，并定期向管委会汇报情况。研究院设副院长，由计算机系或法学院、网研院具有高级职称的在职人员担任。副院长配合院长开展研究院的运行和管理工作。
研究院设立学术委员会和产业委员会。学术委员会作为学术指导和顾问机构，对研究院的学术方向把握、重大课题选题和验收等提供咨询指导；产业委员会作为最高人民法院、清华大学和捐赠方合作沟通的平台，可开展产品研发落地、实践调研交流等工作。
刘奕群
清华大学互联网司法研究院院长、清华大学科研院院长
刘奕群是清华大学计算机科学与技术系教授、清华大学互联网司法研究院院长、中国人工智能学会副秘书长、中国中文信息处理学会信息检索专委会副主任。主要研究领域集中在信息检索、互联网搜索技术以及自然语言处理研究方面。现任信息检索领域知名国际期刊Foundations and Trends in IR（SCI 1区）主编，曾任信息检索领域顶级会议ACM SIGIR 2018（CCF A）程序委员会主席等重要学术职务，入选“万人计划”科技创新领军人才、北京智源学者，获得钱伟长中文信息处理科学技术奖一等奖（第一完成人）、北京市科学技术一等奖（第一完成人）、钱伟长中文信息处理青年创新一等奖、以及WSDM， CIKM最佳论文奖等奖励，并作为项目负责人获得国家重点研发计划，国家自然科学基金委优秀青年基金和重点基金支持。
刘知远
清华大学互联网司法研究院副院长、清华大学计算机系党委副书记
刘知远，清华大学计算机系副教授、博士生导师。主要研究方向为自然语言处理、知识图谱和社会计算。2011年获得清华大学博士学位，已在ACL、EMNLP、IJCAI、AAAI等人工智能领域的著名国际期刊和会议发表相关论文100余篇，Google Scholar统计引用超过2万次。曾获教育部自然科学一等奖（第2完成人）、中国中文信息学会钱伟长中文信息处理科学技术奖一等奖（第2完成人）、中国中文信息学会汉王青年创新奖，入选国家万人计划青年拔尖人才、北京智源研究院青年科学家、2020年Elsevier中国高被引学者、《麻省理工科技评论》中国区35岁以下科技创新35人榜单、中国科协青年人才托举工程。担任中文信息学会青年工作委员会主任，中文信息学会社会媒体处理专委会秘书长，期刊AI Open副主编，ACL、EMNLP、WWW、CIKM、COLING领域主席。
徐明伟
清华大学互联网司法研究院副院长
清华大学计算机科学与技术系教授，系网络技术研究所所长，兼任中国通信标准化协会技术管理委员会专家，亚洲未来互联网论坛（AsiaFI）体系结构工作组主席，计算机学会青年计算机科技论坛（YOCSEF）副主席，中国下一代广播电视网（NGB）总体专家委员会专家。主要研究领域有未来互联网体系结构、互联网路由, 高性能路由器、虚拟网络等；曾获教育部新世纪优秀人才称号、茅以升北京青年科技奖、国家科技进步二等奖、国家科技进步三等奖、中国通信学会科学技术一等奖、中国计算机学会王选奖一等奖、上海市科学技术奖一等奖等多个奖项。
耿林
清华大学互联网司法研究院副院长
清华大学法学院副教授，德国慕尼黑大学法学院访问学者，教研与学术兴趣主要领域： 民法总论、债法、物权法、德国近代民法史及罗马法。撰写完成了《强制规范与合同效力》、《私法：规范、自由、强制》等专著，合著、发表论文、翻译论文近三十篇。